Pada tahun 1985, Yayasan Dana Pendidikan Perkebunan menyelenggarakan Kursus Praktis Usaha Perikanan (KPUP) sampai sebanyak delapan (8) kali dengan diikuti rata-rata 20 peserta/angkatan. Kegiatan tersebut cukup mendapat dukungan dari masyarakat dan Dinas Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta. Selanjutnya, atas evaluasi dan arahan Ketua Umum Yayasan Dana Pendidikan Perkebunan, Kursus Praktis Usaha Perikanan supaya dikembangkan menjadi lembaga pendidikan yang lebih luas dengan pertimbangan: (1) pendidikan tinggi yang menghasilkan tenaga terampil, terdidik, dan mandiri khususnya di bidang perikanan dirasa masih kurang; (2) dari hasil pengamatan, di Daerah Istimewa Yogyakarta dimungkinkan diselenggarakan Akademi Perikanan.

Dalam Rapat Pengurus Yayasan Dana Pendidikan Perkebunan yang berlangsung pada tanggal 20 Mei 1986 yang dipimpin oleh Ketua I dan diarahkan langsung oleh Ketua Umum diputuskan untuk mendirikan dan menyelenggarakan perguruan tinggi yang diberi nama Akademi Perikanan Yogyakarta (sumber: Berita Acara Rapat Pendirian Akademi Perikanan Yogyakarta). Sebagai unit kerja Yayasan Dana Pendidikan Perkebunan, Akademi Perikanan Yogyakarta merupakan monumen hidup nilai-nilai kejuangan eks Tentara Pelajar Brigade 17. Arti monumen hidup ialah, bahwa nilai-nilai kejuangan merupakan nilai-nilai dasar Akademi Perikanan Yogyakarta yang kemudian dikembangkan menjadi budaya organisasi. Nilai-nilai dasar Akademi Perikanan Yogyakarta terus hidup dan dihidupi oleh civitas akademika yang selanjutnya diimplementasikan melalui sikap, perilaku, dan pelaksanaan Tridharma Perguruan Tinggi sehingga setiap lulusan Akademi Perikanan Yogyakarta dalam berkarya selalu dijiwai Pancasila dan nilai-nilai dasar Akademi Perikanan Yogyakarta, yaitu: budi bakti bumi dan kearifan lokal.

Akademi Perikanan Yogyakarta diselenggarakan untuk mengembangkan manusia ke arah martabat dan nilai-nilai yang semakin luhur serta hormat terhadap keutuhan alam ciptaan, memperluas pengetahuan, menumbuhkan kemampuan berpikir kritis, meningkatkan keterampilan, mematangkan kepribadian, serta memperdalam kemampuan bekerja sama melalui kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dengan senantiasa mengintegrasikan ilmu, iman, dan moral.